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去中心化分布式存儲的發展也面臨一些挑戰：

· 技術成熟度與性能：大規模數據檢索的速度、穩定性以及數據的動態修復能力仍需優化。例如，硬盤年故障率約3%，若文件分100片存儲，單點故障可能導致整體不可用的理論失效率會放大100倍。不過，像動態檢測、自動修復機制（如MEMO的RAFI）等技術正在努力解決這些問題。
· 經濟模型的可持續性：如何設計良好的代幣經濟模型，有效激勵存儲提供方長期穩定地存儲數據，而非追求短期代幣收益，是一個關鍵問題。需要平衡存儲需求方（要求長期可用性）與提供方（追求短期收益）的目標衝突。
· 監管與合規問題：數據的不可篡改性和抗審查性是一把雙刃劍，也可能被用於存儲非法內容。如何在保持去中心化優勢的同時，符合不同國家地區的法律法規（如GDPR數據遺忘權），是需要探索的難題。
· 用戶體驗與市場教育：對普通用戶而言，私鑰管理、與區塊鏈交互等操作仍有一定門檻。市場（包括個人和企業用戶）對去中心化存儲的認知和信任度仍需培養。